Les 170 peintures italiennes du musée appartiennent pour l'essentiel à une période allant de la haute-Renaissance au XVIIIème siècle. Les toiles vénitiennes des XVIème et XVIIIème, lombardes du XVIIème et napolitaines du XVIIIème constituent des temps forts de la collection. Grâce à leur indépendance de goût, les Magnin surent rassembler des peintres rares dans les musées français : Zalone da Cento, Claudio Ridolfi, Jacopo Bertoja ou Giovanni Battista Crosato.

Le XVIème siècle vénitien est représenté par quelques œuvres de grande qualité : le Christ et la femme adultère  de Giovanni Cariani, qui oppose un chromatisme vigoureux à la fluidité du "tonalisme" post-giorgionesque; la tintoresque Entrée du Christ à Jérusalem de la lignée d'Andrea Schiavone et ses coloris audacieux, un Noli me tangere au ciel dramatique d'Ippolito Scarsellino. Le maniérisme florentin est brillamment évoqué avec une Suzanne et les vieillards d'Alessandro Allori et une Vierge à l'Enfant de Ridolfo del Ghirlandaio, deux brillants disciples de Bronzino.

La collection du XVIIème est originale et, hormis Gênes, les principales écoles sont représentées : la Lombardie, avec Cerano, Recchi, une dramatique et baroquisante Pietà de Montalto, un Saint-Sébastien dans la lignée de del Cairo ; la Vénétie, avec Ridolfi, Strozzi, Carpioni, dont La Mort de Léandre présente des accents élégiaques très personnels ; la Toscane, avec Biliverti, Dolci dans un portrait « porcelainé » de Saint Charles Borromée, Riposo, Volterrano ; Bologne, avec un Repos de la Sainte Famille aux couleurs raffinées de Zalone ; Rome avec Cozza, Venusti, Baglione, un lumineux Moïse et les filles de Jethro de Romanelli ; Parme, avec un étrange Sommeil de l'Enfant Jésus de Schedoni ; Naples et Luca Giordano.

Le Settecento se distingue par des toiles napolitaines de Traversi, del Po (Triomphe de Silène tirant sur le fantastique) et surtout vénitiennes, de Tiepolo, Crosato, Pellegrini et son métier mince et virtuose, Zais, habile peintre de bataille.